Desde su propio nombre, la provincia denota la fuerte presencia de cauces hídricos que han determinado su demarcación geográfica e influido en su economía. Los dos principales, el Paraná y el Uruguay, aglutinan a las grandes localidades en sus márgenes. Estos dos ríos forman subsistemas o pendientes dentro de la provincia a los cuales se han sumado otros dos.

  PENDIENTE DEL PARANA
Presenta cauces que se encuentran entre los ríos Gualeguay y Paraná y desembocan en este, único de esta pendiente que nace fuera de la provincia, en el territorio brasileño, y tras un recorrido de más de 3.800 km, desemboca en forma de Delta, en confluencia con el río Uruguay. La costa entrerriana del río Paraná es alta y barrancosa hasta la ciudad de Diamante, y a partir de aquí, la altura de la costa se invierte, dando lugar a la formación del Delta. Los principales ríos de esta pendiente son: el Guayquiraró (140 km.) que sirve de límite con la provincia de Corrientes; el río Feliciano (198 km.), que nace en la lomada del Mocoretá y desemboca en las inmediaciones de Piedras Blancas; el Hernandarias (limita los departamentos de La Paz y Paraná); el arroyo de Las Conchas, que desemboca en Villa Urquiza; el arroyo Salto, lo hace en las cercanías de La Juanita y el arroyo Ensenada, que desemboca al norte de la ciudad de Diamante.

 PENDIENTE DEL URUGUAY
En torno al río homónimo, el cual nace en Brasil, y desemboca formando con el Paraná, el Río de la Plata, después de recorrer 1.600 km. Los principales ríos y arroyos de esta pendiente son: el Mocoretá (limita Entre Ríos con la provincia de Corrientes); el Mandisoví Chico; el Mandisoví Grande; el Gualeguaycito; el Ayuí Grande, el Yuquerí Grande; el Yuquerí Chico; el Yeruá; el Chico de Pedernal; el Palmar; el Pos Pos; el Perucho; el Urquiza; el Curro; De la China; Tala; Osuna; el Gualeguaychú (182 km.); el Ceibal; Ñancay y el Naranjo.

  PENDIENTE DEL GUALEGUAY
El río Gualeguay nace en Federación y tiene un recorrido de 375 km., desembocando en el Paraná-Pavón y Paraná-Ibicuy. Es de régimen pluvial y sus principales afluentes son: a margen derecha, Taraguy, Sauce, Federal, Diego López, Ortiz Mojones, El Tigre, el Tigresito, Raíces, Altamirano, Tala, Jacinta; y en su margen izquierda Chañar, Lucas, Cañada Grande, Sandoval, Vizcacheras, Villaguay, Bergara, Calá, San Antonio y Ceballos.

  PENDIENTE DEL DELTA
Esta pendiente está ubicada en una región de territorio bajo, inundable y de islas, a partir de Punta Gorda, al sur de la provincia. La integran, entre otros, el riacho Victoria, los arroyos de Las Cuevas, Paranacito, Correntoso, Barrancoso, Doll, Los Ceibos, Manantiales y el arroyo Nogoyá, de l32 km. de largo. Dentro del Delta, al sur del río Gualeguay, se localizan el Paraná-Pavón y el Paraná-Ibicuy y en el Delta propiamente dicho: el río Paranacito, el Sagastune, el Brazo Largo, el Brazo Chico, el Gutiérrez, el Paraná Bravo, el Sauce, el Paraná-Guazú.

En Entre Ríos no se encuentran lagos, aunque en las partes bajas de sus lomadas se forman bañados o esteros. Ejemplo de esto son: el Yacaré, la Laguna del Pescado, del Sauzal, del Rabón, de los Toldos, de las Cañas; esteros de Morán; la laguna Carabajal; la laguna de los Gauchos; la laguna Larga; la laguna de Las Tejas, de Montiel y otras.